Créé en 1977, le Musée de Pontarlier occupe l’une des plus anciennes demeures de Pontarlier (XVe siècle). Le bâtiment a conservé un bel ensemble de vitraux de style Art Nouveau et des poutres ornées de motifs historiés peints datées du XVIIe siècle.
Il présente sur trois niveaux des collections liées à l’histoire de Pontarlier et à celle de l’absinthe, des collections archéologiques (de la Préhistoire au Moyen Age), des peintures comtoises et des faïences.
Des expositions temporaires sont organisées régulièrement sur des sujets variés.