Collections : Archéologie,Arts décoratifs,Beaux-arts,Ethnologie,Histoire,Sciences de la nature
Thématiques : Beaux-Arts : Estampe et Affiche, Peinture, Sculpture
Collections beaux-arts : sculptures du XIXe siècle autour de l'artiste Jean-Joseph Perraud ; peintures flamandes, italiennes et françaises avec des chefs-d'oeuvre de Pieter Breughel le Jeune ou Gustave Courbet. Collections archéologiques : sites majeurs du Jura dont ceux palafittes classés Unesco de Chalain et Clairvaux. Sciences naturelles: paléontologie avec fossiles de plathéosaure, ressources du Jura (herbiers, minéraux) et spécimens de références (types) comme la tortue de Lect.
Bibliothèque inscrite à l'inventaire supplémentaire des Monuments historiques.