La première église paroissiale, citée dès le VIIIe siècle, était dédiée à saint Grégoire. Elle ne fut consacrée à saint Sébastien qu'en 1309, après les actes de vandalisme perpétrés en 1298 par les bandes du comte Thiébaut de Ferrette. Elle dépendait dès l'origine de la collégiale de Lautenbach, qui avait le droit de dîme et de collation.
Les trois styles de l’architecture religieuse se côtoient dans une harmonie parfaite : la nef latérale droite est gothique, celle de gauche est romane et le choeur remonte à l’ère baroque.
La nef latérale droite menaçait ruine en 1480 et fut reconstruite en style gothique, grâce à la générosité des bienfaiteurs, qui firent sculpter leurs armes sur des clefs de voûte : à l’est, le chevalier Guillaume Kappler et son épouse Adélaïde Beger (1496) ; à l’ouest, le prévôt Rodolphe Meiser.
La nef latérale gauche fut reconstruite en 1741 et le choeur fut rénové en 1759 par Ignace Ritter, l’architecte de l’église Notre-Dame de Guebwiller.
En 1895, l’ancienne façade fut démolie et la nef agrandie de deux travées. Le décaissement du dallage à l’intérieur de la nef, ainsi que dans le bas-côté sud, permit la mise à jour de treize dalles funéraires de nobles. Ils étaient jadis les financiers-donateurs du sanctuaire aux XVIIe et XVIIIe : familles Breitenlandenberg, Schönau et alliées et habitaient les châteaux du Wagenbourg, de Zillhausen et Jestetten.